Kauno „Ryto“ pradinė mokykla pradėjo veikti 1993 m. rugsėjo 1 dieną. Mokykla įsteigta Kauno miesto valdybos 1993 m. birželio 15 d. potvarkiu Nr. 776-v, reorganizavus 108-ąjį vaikų lopšelį darželį (Šarkuvos g. 29) į ,,Ryto“ pradinę mokyklą.

Skambų ir prasmingą mokyklos „Ryto“ vardą pasiūlė priešmokyklinio ugdymo grupės mokytoja Zita Mogenienė ir jam 1993 m. pritarė Pavadinimų sumanymų ir pritarimo komisija. Šarūnas Mogenis sukūrė mokyklos himno žodžius ir muziką. Visa mokyklos bendruomenė dalyvavo kuriant mokyklos logotipą. Mokyklos tarybai nutarus, 1994 m. rugsėjo 1 d. mokyklos mokiniai, pirmieji Kauno mieste, išdidžiai apsivilko mokyklinę uniformą.

Nuo 1999 m. mokykla priklauso sveikatą stiprinančių mokyklų tinklui.

2019–2021 metais, tęsiant mokyklos ugdymo(si) aplinkų atnaujinimą ir modernizavimą, mokyklos kieme įrengta daugiafunkcinė sporto aikštelė (Kauno ,,Ryto“ pradinės mokyklos atviros sporto aikštelės statybos projektas Nr. 2017-400-SP).

2019 m. gruodį mokyklai suteiktas aktyvios mokyklos statusas, pradėta įgyvendinti socialinio emocinio ugdymo LIONS QUEST programa ,,Laikas kartu“.

Nuo 2020 m., bendradarbiaujant su Nacionaline švietimo agentūra, įgyvendinamas projektas ,,Mokinių gebėjimų atskleidimo ir jų ugdymo sistemos plėtra“ (Nr. 09.2.2-ESFA-V-707-04-0001). Projekto tikslas – kurti ir plėtoti mokinių, turinčių didelį mokymosi potencialą, gabumų atpažinimo ir jų vystymo sistemą, sudaryti kiekvienam mokiniui galimybes gauti jo poreikius atitinkantį formalųjį ir neformalųjį ugdymą, padėti realizuoti išskirtinius gebėjimus ir gabumus.

Nuo pat mokyklos įkūrimo pradžios iki šių dienų mokykla siekia nuolatinės pažangos įvairiose  mokyklos veiklos srityse ir yra vertinama dėl aukštų mokinių ugdymo(si) pasiekimų, saugios mokyklos aplinkos, įvairiapusės neformaliojo vaikų švietimo programų pasiūlos.

Mokyklos vadovai:

  • 1993–1994 metai – direktorė Sigutė Paužuolienė
  • 1994–2018 metai – direktorė Alina Striškienė
  • 2018–2019 metai – laikinai einanti direktoriaus pareigas Reda Stasiukonienė
  • Nuo 2019 m. rugsėjo 2 d. – direktorė Irena Lodienė